Årsagen til denne overdrevne ophobning af jern i organerne er overdreven absorption i fordøjelseskanalen.
Hemokromatose er ofte arvelig: det skyldes en mutation af HFE-genet, der forårsager et fravær af fremstilling af jernhormonet, hepcidin. For at sygdommen skal udvikle sig i en person, skal begge forældre være bærere af dette mangelfulde gen.
Normalt giver diæten 20 mg jern daglig, hvoraf 1 mg absorberes i fordøjelseskanalen, og 1 mg går tabt i afføringen og urinen. Alt dette er reguleret af hepcidin.Hos en patient med hæmokromatose er der ingen regulering af jernmetabolisme på grund af mangel på hepcidin: koststoffet (4 til 5 mg), der kommer ind i kroppen, forbliver der, hvilket 3 til 4 mg jern absorberes dagligt og akkumuleres.
Der er to mutationer i HFE-genet, der forårsager hæmokromatose:
- Homozygot C282Y (i tilfælde af mutation fra far og mor): Den hyppigste mutation er den første (85%).
- en dobbelt heterozygositet C282Y + H63D, i dette tilfælde er mængden af akkumuleret jern mindre.